В 1999 г. в дар монастырю передана старинная точная копия чудотворной Глинской иконы Божией Матери (1846), в 2006 г. в обитель возвращена другая ее чтимая святыня — старинный образ Нерукотворного Спаса (с 1961 г. монашествующие берегли его за пределами пустыни). В 1990-х гг. в монастыре обретены мощи прп. Серафима (Амелина). В 2006 г. обретены мощи прп. Филарета (Данилевского) и прп. Феодота (Левченко); в 2007 г. обретены мощи прп. Архиппа (Шестакова); к моменту прославления Собора свв. Глинских (2008) обретены также мощи прп. Макария (Шарова); в 2009 г. на Михайловском кладбище Сухуми обретены и перенесены в Глинскую пустынь мощи прп. Серафима (Романцова). В 2005–2007 гг. обнаружены также могилы прп. Илиодора (Голованицкого), прп. Иннокентия (Степанова), прп. Иоанникия (Гомолко).